2021年1月18日，北京日报公布了第十五届北京市思想政治工作优秀单位，北京市疾病预防控制中心名列其中。这是中心第三次荣此殊荣，特别是蝉联第十四届和第十五届北京市思想政治工作优秀单位。
北京市疾控中心作为首都公共卫生的专业机构，承担着全市传染病与慢性病预防控制，突发公共卫生事件应急处置，食品、饮用水、环境等健康危害因素监测与干预，市民健康教育与健康促进，以及首都重大政治、经济、社会活动公共卫生保障和生物反恐卫生应急等工作。
多年来，中心党委注重发挥思想政治工作生命线作用，将思想政治工作融入中心建设各个方面，与公共卫生工作互促互进。围绕首都公共卫生发展大局，坚持首善标准，自觉加强政治引领，狠抓思想理论武装，严肃党内政治生活，积极加强和改进思想政治工作，激发思想政治工作责任和活力。
坚持从严标准，压实责任构建科学体系，持之以恒深化作风建设，全面推进党的建设，为高标准履行卫生防病职能提供了坚强的思想基础和组织基础。先后历经非典、甲流、H5N1及H7N9禽流感等重大疫情防控，出色保障了奥运、建国60周年庆典、APEC会议、“9.3”阅兵、 “一带一路”等重大政务国务及社会活动的公共卫生安全。
十余年来，本市法定传染病报告率下降了40%，其中甲乙类传染病下降了66%；为全市60岁以上老人和中小学生免费接种流感疫苗1400余万人次，累计减轻疾病负担达30亿元；深入推进全民健康生活方式行动，居民健康素养上升了14%，显著高于全国平均水平。
面对突如其来的新型冠状病毒感染的肺炎疫情，为切实履行好首都疫情防控政府决策的技术支撑职责，中心党委坚决贯彻习近平总书记视察北京防控工作的重要指示精神，认真落实党中央、北京市委市政府决策部署，把首都人民生命安全和身体健康高高举过头顶，以高度敏感的政治觉悟，高度负责的精神状态，精心筹划、周密部署、再接再厉、英勇斗争，注重锤炼战斗意志，不断强化战时功能，积极发挥基层党组织政治引领作用，高标准、高效率落实疾控机构各项防控责任，在北京市及时有效应对国内及境外输入性疫情，快速处置新发地聚集性疫情、顺义区局部聚集疫情中发挥了重要作用，让党旗在疫情防控一线高高飘扬。