2016年以来，五华区先后经历了2016年第一轮中央生态环境保护督察，2017年省委省政府督察、2018年中央生态环境保护督察整改“回头看”、2019年和2020年市生态环境保护监督检查。五华区以环境保护督察为契机，以蓝天、碧水、净土为主攻方向，以“一湖一江”、集中式饮用水水源地保护、黑臭水体治理、农业农村面源污染治理及重点流域规模化畜禽养殖整治、生态保护修复、固体废物及重金属污染防治、柴油货车污染治理、工业园区污染治理和工业企业搬迁及砖瓦行业整治、城市扬尘综合治理、油烟污染和噪声扰民整治、网格化清水入滇微改造、防洪治理等“十二大”专项攻坚战为主抓手，重拳出击，铁腕治污，集中解决一批突出环境问题，辖区生态环境质量持续提升。
空气质量显著提升。2020年，五华区有效监测天数366天，其中优级天数196天，良级天数170天，空气质量优良率100%。与2017年相比，主要污染指标S02（二氧化硫）降低52.17%，PM10（颗粒物）降低27.21%，PM2.5（细颗粒物）降低16.97%, NO2（二氧化氮）降低26.47%，CO（一氧化碳）降低33.33%。2020年五华区空气质量显著提升。
水环境质量持续向好。五华区集中式饮用水源地自卫村水库达到地表水Ⅲ类标准。四条入滇河道水质持续向好，盘龙江、大观河水质达到地表水Ⅲ类标准，新运粮河、老运粮河水质达到地表水Ⅳ类标准。
面源污染有效控制。持续巩固畜禽养殖污染防治，养殖量减少91.4%。抓好化肥、农药减量增效技术推广，测土配方施肥及其他减肥增效技术覆盖率达90%以上。推广减肥技术7.5万亩，推广减药技术4.7万亩，废弃地膜回收率达90%，秸秆综合利用率达95%。
生态修复逐步推进。做好矿山地质环境保护与生态修复治理，完成三华山采石场修复182.42亩。新增城市绿地100.2公顷，关停矿山146个，修复“五采区”植被4494亩，完成造林面积13027.89亩，封山育林2600亩，森林覆盖率56.3%。划定生态保护红线面积64.76平方千米，占行政区国土面积的17%。
人居环境明显改善。统筹抓好“厕所革命”、生活垃圾治理、污水处理等工作。在全市率先实现自然村无害化卫生公厕全覆盖，新建、改造农村公厕74座，农村无害化卫生户厕覆盖率90%。推行城乡生活垃圾一体化管理，实现村庄生活垃圾全收集、全处理。大力推进生活污水处理设施建设，建成农村生活污水处理设施16座。